بخش وسیعی از کشور شامل بیابان‌ها می‌شود. این مناطق که در برخی منابع از آنها با عنوان چاله‌های داخلی یاد شده به دو بخش وسیع کویر لوت و دشت کویر تقسیم می‌شوند. این کویرها برخلاف تصور عمومی عادی از حیات نبوده و بر عکس واجد ویژگی‌های منحصر به فردی هستند که از آن میان می‌توان به حیات وحش و پوشش گیاهی خاص آن اشاره کرد، اما این واقعیتی است که عناصر متفاوت حیات در مناطق بیابانی با محدودیت‌های چشم‌گیری مواجه‌اند. دشت‌های جلگه‌ای کشور نیز در سواحل شمالی و جنوبی قرار گرفته‌اند.

بیابان لوت
این چاله داخلی تا مدتی پیش به عنوان کم ارتفاع‌ترین نقطه ایران شناخته می‌شد اما اکنون مشخص شده کم ارتفاع‌ترین نقطه کشور به سواحل دریای خزر تعلق دارد که حدود 28 متر از سطح آب‌های آزاد پایین‌تر است. بیابان لوت با وسعت 80000 کیلومتر مربع در جنوب شرقی کشور واقع شده. چون شیب زمین از اطراف به سوی مرکز لوت است، لوت به شکل چاله‌ای نامتقارن درآمده است. این عرصه به لحاظ آب و پوشش گیاهی و البته جانوران، فقیر است و فقط یک رود دائمی (رود شور بیرجند) در آن جریان دارد که تقریباً در تمام طول سال دارای آب است. بقیه رودهای این ناحیه فصلی و موقت هستند. این بیابان به لحاظ شکل ناهمواری‌ها و پراکندگی عوارض جغرافیایی به قسمت‌های لوت شمالی، جنوبی و مرکزی تقیسم می شود. لوت مرکزی وسیع ترین و پست‌ترین قسمت بیابان لوت است
برخی پژوهشگران حوزه علوم جغرافیا معتقدند که منطقه‌ای در بیابان لوت به نام کویر شهداد (کلوت)، قطب حرارتی و به عبارتی گرم‌ترین نقطه در سراسر کره زمین است که ناباورانه دمای شب‌های آن در تابستان به زیر 15 درجه نیز می‌رسد.
دشت کویر
دشت کویر یا کویر نمک، بستر پر شده چاله‌ای زمین شناسی است که در جنوب رشته کوه البرز بین خراسان، سیستان، قم، کاشان و یزد قرار گرفته است. در ازای آن از شرق به غرب 600 کیلومتر و پهنای آن از شمال به جنوب100 تا 300 کیلومتر است.
جلگه ساحلی دریا خزر
حاشیه باریک جنوبی دریای خزر که امتداد آن تا دامنه‌های شمالی البرز می‌رسد، جلگه‌ای با در ازای 500 کیلومتر و پهنای 20 کیلومتر را از آستارا تا رود گرگان تشکیل می‌دهد که کم ارتفاع‌ترین منطقه ایران و از مهمترین دشت‌های زیر کشت است.
جلگه ساحلی خلیج فارس و دریای عمان
طول این جلگه به طور تقریبی به 1480 کیلومتر می‌رسد و همان گونه که از نامش پیداست در مجاورت دریای عمان و خلیج فارس قراردارد. رود میناب این منطقه را به دو قسمت جلگه‌ساحلی خلیج فارس (از مصب اروندرود تا رود میناب) و جلگه ساحلی عمان (از میناب تا مرز پاکستان) تقسیم می‌کند
در بعضی منابع و کتاب‌های مربوط به جغرافیای ایران جلگه جنوبی کشور به دو بخش خوزستان و خلیج فارس و دریای عمان نیز تقسیم شده‌اند.