استفاده از واژه جزیره در ایران تداعی کننده بخش‌های جنوبی کشور است در حالی که دریاچه اورمیه دارای 102 جزیره کوچک و بزرگ است که این جزایر به دلیل کنترل و حفاظت مداوم از حدود 30 سال پیش ارزش‌های طبیعی خود را تا حد زیادی حفظ کرده‌اند و زیستگاه مناسب انواع جانوران را تشکیل داده اند. مهم‌ترین جزایر دریاچه اورمیه عبارت‌اند از: کبودان (قیون داغی)، اسپیر، اشک، اسلامی (شاهی)، آرزو، آذر، ناهید، مهر، تخت و بردین. دریاچه طشک و بختگان نیز جزایر متعددی دارند، که مهم‌ترین آن جزیره نرگس در دریاچه طشک است.
خلیج فارس جزیره‌های بسیاری از نوع مسکونی و غیر مسکونی دارد که از نظر زیست محیطی دارای اهمیت ویژه‌ای هستند زیرا یک اکوسیستم جزیره‌ای در اثر جدا افتادن از سایر مناطق خشکی در طول سالیان متمادی به تکامل رسیده است.
بونه، قبر، ناخدا و دارا
این جزایر سه گانه در دهانه خورموسی از انباشت رسوبات تشکیل شده و فاقد سکنه دائمی هستند این جزایر محل تخمگذاری پرستوهای دریایی بوده و پهنه جزر و مد وسیعی دارند.
خارکو 
در شمال غربی بوشهر و جنوب شرقی گناوه قرار دارد که بزرگ‌ترین توده مرجانی ایران در اطراف آن است. زیستگاه مناسب برای آهو و تحت مدیریت سازمان حفاظت محیط زیست قرار دارد.
خارک
در جنوب جزیره خارکو بزرگترین پایانه نفتی ایران به عنوان پایانه صادراتی نقت و مواد نفتی بر روی جزیره خارک بنا شده است. این جزیره کاملا صنعتی است اما در اطراف آن توده آبسنگ‌های مرجانی وجود دارد و جمعیت آهو در آن قابل ملاحظه است.
عباسک
این جزیره به عنوان یک پهنه گلی داخل خلیج بوشهر واقع شده و به علت بافت زمین و جنس خاکش لم یزرع است.
فارسی
این جزیره در شمال جزیره عربی و جنوب بوشهر با فاصله زیاد از ساحل قرار گرفته است.
جبرین، نخیلووام‌الکرم
این جزایر در جنوب شهر بُردِخون و شرق بندر دیر در نزدیکی ساحل قرار دارند. این جزایر در واقع پهنه گلی وسیعی هستند که توسط آب کم عمقی از سواحل جدا شده‌اند.
لاوان
 جزیره نسبتاً بزرگی است که در جنوب بندر مقام در فاصله‌ای نه چندان دور از ساحل قرار دارد به طوری که به راحتی از ساحل قابل رؤیت است. این جزیره مسکونی دارای چند روستا است و بلندترین نقطه آن 70 متر ارتفاع دارد.
جزیره شیدور
جزیره شیدور یا شتور در شرق لاوان غیر مسکونی و تحت حفاظت ساطمان محیط زیست است.
جزیره هندورابی
این جزیره مسکونی با چندین روستا و اسکله کوچک در جنوب شرقی لاوان و غرب کیش قرار گرفته است. بلندترین نقطه آن حدود 30 متر ارتفاع دارد و اطراف آن توده‌های مرجانی مشاهده می‌شود.
کیش
جزیره‌ای توریستی و منطقه آزاد تجاری با پیشینه تاریخی طولانی، در جنوب بندر چارک است که تراکم فعالیت‌های صنعتی و تجاری بر روی آن تقریباً بیش از جزایر دیگر است. در این جزیره سال‌ها قبل تعدادی آهو رها سازی شده که اکنون جمعیت قابل ملاحظه‌ای پیدا کرده‌اند.
فارور (فرور بزرگ)
فارور یک جزیره غیر مسکونی و در اختیار سازمان محیط زیست است. این گنبد نمکی بزرگ در جنوب شرقی کیش و در جنوب بتدر لنگه قرار دارد. مرفتع ترین نقطه آن 150 متر ارتفاع دارد و از سواحل صخره‌ای برخورددار است. این جزیره به علت داشتن مارهای زیاد به مارور نیز شهرت دارد. در جنوب آن جزیره فارور کوچک (بنی فارور) قرار داد.
سیری
جزیره‌ای مسکونی در جنوب جزیره فارور شرق جزیره ابوموسی با تأسیسات نظامی و فروداه و انبارهای نفتی با دو حلقه چاه بزرگ آب شیرین است.
ابوموسی
در اطراف این جزیره مرجانی وجود دارد و بلندترین نقطه ا” 34 متر است و تأسیسات و پادگان ةای نظامی در آن واقع شده.
تنب بزرگ
این جزیره در شمال جزیره ابوموس جنوب شرقی بندر لنگه و جنوب قشم واقع است سکنه بومی ایرانی دارد و توده‌های مرجانی اطراف آن دیده می‌شود. مارهای سمی و کوچک در این جزیره به وفور وجود دادر.
تنب کوچک
در شرق جزیره نتب بزرگ قرار دارد غیر مسکونی و بسیار کوچک است در اطراف این جزیره نیز توده های مرجانی دیده می‌شود
قشم
وسع ترین و در عین حال زیباترین پهنه خشکی میان آب کشور است . این جزیره داخل تنگه هرمز قرار گرفته و تنگه خوران را در شمال خود به وجو آورده است. این جزیره نیز مانند کیش توریستی و منطقه آزاد تجاری است. جزیره قشم از چندین بندر تجاری و اسکله های متعددی برخوردار است که بر اهمیت تجاری آن افزوده است.
هنگام
در جنوب جزیره قشم و در فاصله اندگی از آن جزیره هنگام واقع شده است. چند روستا و شهر در آن وجود دارد. این جزیره کاملا بر تنگه هرمز تسلط دارد
لارک
این جزیره در داخل تنگه هرمز و جنور قشم با دو روستا و سکنه بومی واقع شده است و در اطراف‌ آن آبسنگ‌های مرجانی دیده می‌شود.
هرمز
شرقی‌ترین جزیره ایران در شمال شرقی قشم و در جنوب بندر عباس واقع شده است. دارای جمعیت مسکونی قابل توجهی است. این جزیره یک گنبد نمحکی با ارتفاع حداکثر 18 متر است که به طور عمده سواحل صخره‌ای دارد. گذشته از این جزایر کوچک و بزرگ بسیاری از پیکره نجد ایران در خلیج فارس قرار گرفته‌اند.